Motor her aracın kalbidir. Skoda Auto Müzesi bir bölümünü tamamiyle motorlara ayırmıştır. Motor galerisi, Skoda'da motor tasarımının kronolojik olarak 60 yıllık gelişimini sergileyecek şekilde ayarlanmıştır.
 

Sergilenen parçaların çoğu Forum olarak bilinen kongre salonunun girişindeki salona toplanmıştır. Diğer motorlar da müzenin diğer taraflarında sergilenen araçları uygun şekilde tamamlamaktadırlar.

Müzede 1911'den itibaren (Sa tipleri) en son 1.2 litrelik motora kadar tüm ürünleri görme şansınız olacaktır.